法律制度
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参见：全国人大常委会解释香港特别行政区基本法
2016年11月8日傍晚，法律界举行反人大释法黑衣静默游行
1997年以后，中华人民共和国政府官方人士或机构发表过各种对《基本法》、《中英联合声明》所规定的“一国两制”制度的涵义的看法，在2010年以后，由于这种解释或理解将重心放到“一国”而非“两制”，例如《一国两制白皮书》、中联办主任张晓明的“特首超然论”、中共政治局常委张德江声称中央对特首有“实质任命权”等[105]，这些言论被指引起中华人民共和国政府对一国两制的实施逐渐偏移香港民众及国际社会对其的理解的疑虑，因此引发部分香港民众的怀疑。[106][107]特区政府官员亦发表迎合这些论调的言论，更加加深部分港人对一国两制前景的担忧。《一国两制白皮书》中依照大陆体制，声称香港的法官是行政官员、并要求法官“维护国家主权及安全”、保护中华人民共和国政府利益，被部分人士认为是大陆政府无视受一国两制保护的香港司法独立，并试图改变香港司法、法律界的表态，也引起香港法律界的公开示威游行。[108]
中国大陆与香港不同的法律体制也引起部分香港人以及法律界人士对一国两制的担忧。根据《基本法》规定，经终审法院提请，中国人大可以对基本法作出司法解释。而此机制在实际实施中，曾被特区政府用作使用行政手段推翻法庭终审判决的方法，因此引起部分人士对一国两制下香港司法权独立是否得到保障的担忧。[109]其中，2016年的第五次人大释法是在香港法庭及政府没有要求的情况下，由人大主动进行的，其结果是直接影响了当时正在进行的具有政治色彩的香港法律案件的结果，因此在香港及国际上普遍认为代表了中华人民共和国政府对香港的自治地位及司法独立的进一步干涉，加剧了部分香港人以及法律界人士对中国政府维持一国两制的意愿的担忧，并引起香港法律界罕见的公开示威游行。[110][111][112][113]
司法管辖争议
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参见：西九龙站内地口岸区 § 辖权争议
2017年7月，特区政府根据与中国大陆的协议公布广深港高速铁路香港段西九龙站的出入境检查安排方案，在车站内设置适用中国大陆刑事法律的“内地口岸区”，将内地口岸区划出香港管豁范围（实际改隶深圳市福田区）[114]，内地口岸区范围包括整个站台区域及列车车厢。改变司法管辖权的安排在香港引起争议，以及对这一方案是否符合《基本法》的担忧，[115]并受到司法复核。[116]有人认为“内地口岸区”会成为在香港境内的实质治外法权区域，但反对人士指出中国与香港不是两个国家，不存在国家之间的治外法权问题。[117][118]
选举制度
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主条目：香港选举制度、香港政治制度改革和真普选
香港要普选
根据《香港特别行政区基本法》第45条规定：
香港特别行政区行政长官在当地通过选举或协商产生，由中华人民共和国中央人民政府任命。行政长官的产生办法根据香港特别行政区的实际情况和循序渐进的原则而规定，最终达至由一个有广泛代表性的提名委员会按民主程序提名后普选产生的目标。
由此，香港特区政府曾相继提出过2007年及2008年香港政治制度改革以及2012年香港政治制度改革提议，其中后者落实了一部分改革措施，但尚未达到普选的目标。在普选问题上具体的改革方案上出现了以香港泛民主派为代表的一方、与建制派及中国共产党和特区政府为代表的另一方之间的分歧。
分歧主要围绕提名权设置及提名委员会的构成及权限的问题。泛民主派主张在香港实行的普遍选举，是由香港人公民提名、政党提名、提名委员会共同组成，缺一不可。然后直接选举行政长官及香港立法会议席，以落实民主选举制度之两大理念：参政权之“开放参与”和有“真正选择”，以正当程序保障“实质竞争”。
而由特区政府所提议、获中国共产党支持的“普选”方案则主张依照基本法规定只有提名委员会有权提名，并且提名委员会的人数、构成和委员产生办法须按照当时选举委员会的人数、构成和委员产生办法而规定。但特区政府部分人士指出可由公民签名推举候选人交由提名委员会考虑。此举被指在概念和程序上尽量保留中华人民共和国中央政府对选举人、候选人资格、选举程序及当选人任命等方面的控制。民主派所提倡的真普选诉求与中国官方的普选方案有所区别。
2008年1月，香港泛民主派举行争取2012双普选大游行，主轴为“坚持2012真普选 不要2017假民主”。[119][120]2009年11月，前布政司、政务司司长及立法会直选议员陈方安生表示：若然特区政府无诚意推动“真普选”，泛民主派可考虑总辞等任何行动。[121]同年12月，香港立法会议员黄毓民在立法会会议上提出“五区总辞，全民公决”动议案，梁家杰将“2012年双普选”改为“落实真普选及取消功能组别”。[122]
针对香港政治制度改革，由泛民主派政党、团体及议员与学者个人于2013年3月合作组成的真普选联盟表示，香港人要有接受问责的政府，就必须建立真正的民主制度，透过普及而平等的选举选出行政长官和全体立法会议员。[123]而特区政府则表示公民提名等方式违背基本法规定。由于中央政府在选举制度问题上的态度，在选举制度改革上产生的政治分歧加剧了相当一部分香港人对中央政府的不满，和对“一国两制”实践的担忧。
在2016年及2017年香港政治制度改革中，针对提名权的设置，以及提名委员会的组成等争议而再度引燃此问题。及至2017年行政长官选举，选举委员会首次在不根据大众民意的情况下推选出行政长官，反映北京当局对香港正加强影响力。[124]
至2016年香港立法会选举，戴耀廷提出雷动计划推动非建制派于选举取得过半议席，其后一项关于雷动计划的学术研究指出，忧虑北京干预香港选举为其中一个推动非建制派支持者参与雷动计划的原因。[125]
另外，香港中联办一直在香港各级选举中，干预立法会议员内部运作及投票意向等，引伸出西环契仔契女及中联办在香港政治的角色的争议。
政策争议
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参见：香港高铁争议和新界东北发展计划
香港示威者反对广深港高速铁路香港段的建设
2009年，由于特区政府采取配合中央铁路建设计划、计划动用香港资金在香港境内建造连接大陆高铁网络的铁路，而民众对建造高铁的益与弊及高昂成本持怀疑态度，导致发生反对建造高铁的示威行动，并被引申为特区政府不顾香港利益配合中央政策的例子，加剧了香港人对大陆政府的怀疑。
特区政府早有意发展新界东北，但新界东北发展计划影响的居民需要搬迁，涉及范围包括古洞村、松柏塱村及大头岭村、粉岭北石湖新村、马屎埔村、天平山村及虎地坳村。梁振英以候任香港行政长官身份接受访问，提及新界东北新发展区旁边的边境禁区可以变成“特区中的特区”，中国大陆人和外国人均可以免签证进入。原有的农地更改作为住宅或者商业用地，影响香港农业。引发争议。
2014年，平机会谘询立法禁止歧视大陆新移民[126]。
跨境执法争议
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2013年，香港商人潘维曦涉及一宗在中国大陆的商业罪行，在香港被广东警方跨境拘捕。传媒人纪硕鸣于2016年1月9日在《明报》观点版发表《中央应严厉阻止跨境绑架》一文，提及潘维曦被捕一事，当时《南方都市报》当年报道时直指事主“在香港被广东警方拘捕”。[127]
香港01于2019年5月30日报道，沙头角边境禁区一幅香港官地遭非法霸占，而村民擅经桥梁北上，非法跨越港深边界沙头角河，并通过深圳边防的铁闸，随意往来两地，更有中国武警于旁边设边防更亭，但边防人员并无阻止村民通过铁闸。[128]
逃犯条例修订争议
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主条目：2019年逃犯及刑事事宜相互法律协助法例（修订）条例草案
参见：反对逃犯条例修订草案运动
示威人士向中共总书记习近平的巨型肖像扔鸡蛋表达对中共政权的不满
《2019年逃犯及刑事事宜相互法律协助法例（修订）条例草案》是特区政府宣称为修订原有逃犯条例及解决不能向中国大陆、澳门和台湾移交疑犯和进行法律协助的“法律缺陷／漏洞”，而提交香港立法会审议的一法律草案。该提案源于潘晓颖命案。现时香港法律无法进行有关的嫌犯移交和法律协助，获得通过后的草案将会以行政长官就单一个案件提交的方式解决类似问题，按照“两地同属犯罪”原则，可移交控罪须在香港也属于犯罪行为并经过香港法庭审理按照“两地同属犯罪”原则[129]。移交目的地除了台湾，亦包括中国大陆及澳门，移交控罪除谋杀罪外，也涵盖多项可判监7年或以上之控罪，但目的地执行死刑者则不移交[130]。草案甫经提出，便招致社会各方质疑和关切香港作为独立司法管辖区的独立性或遭削弱，引发多次游行示威活动抗议。其中最大一次反修例的游行是在2019年6月16日，警方公布在高峰期有33.8万人参与，主办单位则公布有近200万人参与游行。2019年6月15日，政府宣布暂缓逃犯条例修订立法的工作，但仍有大量市民批评政府只是“暂缓”，并非“撤回”。2019年10月1日，适逢中华人民共和国建国70周年，示威者发动大型示威行动，过程中损毁中共总书记习近平的肖像表达对中共政权的不满。此外，逃犯条例有关冲突更延烧到英国、澳大利亚、韩国和台湾等地的大专校园内。
2019年12月16日上午，中国国务院总理李克强在北京市人民大会堂会见到京述职的香港行政长官林郑月娥，听取林郑月娥的汇报。李克强肯定了林郑月娥的工作，希望特区政府“依法止暴制乱”，研究香港社会的“深层次矛盾”。[131][132]
2019冠状病毒病疫情封关争议
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主条目：2019冠状病毒病香港反应与影响
COVID-19疫情首先在武汉市爆发，香港经历过2003年非典型肺炎一役，加上当时已出现零星来自中国大陆的感染个案，不少香港市民要求政府封关，暂时禁止中国大陆旅客进入香港，以免出现大型爆发，导致香港医疗系统无法负荷，甚至崩溃。惟政府初时只要求部分旅客（甚至不包括乘坐高铁的武汉乘客）填写申报表，市民对政府反应及做法感到不满。
2022年春节节后香港第五波疫情失控蔓延，大量在港人士通过深圳进入内地避疫，由于隔离酒店爆满及名额不足，甚至出现偷渡，导致深圳爆发疫情。因此不少深圳市民及大陆网民亦要求政府封关，禁止香港旅客进入中国大陆。
香港国安法争议
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主条目：中华人民共和国香港特别行政区维护国家安全法
2020年5月24日，反国歌法、国安法大游行后，特区政府发表名为“政府强烈谴责暴徒违法行为”的新闻公报。文中首次使用了与中国官媒同一口径的字眼，指“黑暴”分子仍然猖獗，并指“印证了就国家安全立法的必要性和迫切性。”[133]同日，特首和三司司长先后在网志和facebook表态支持。保安局与其辖下的5个纪律部队首长及政府飞行服务队都前后经新闻处发稿支持草案。有网民质疑公务员不再政治中立，亦有网民指官员集体表忠是“卖港贼”。[134]